（一）山東大學發展研究院實行理事會領導下的院長負責制。理事會為山東發展研究院的最高決策機構，理事會成員由山東省各相關部門和企事業單位的領導、山東大學的領導、國內外相關領域的知名學者和專家組成。理事會通過選舉的方式產生理事長、副理事長和秘書長。理事會負責審議發展研究院的發展目標、發展戰略，推選研究院院長。

    （二）發展研究院的常設行政機構實行院長負責制。院長由理事會推選，由山東大學聘任。院長負責研究院的全面工作，并就研究院的學術規劃、人才聘任、財務預算等重大事項定期向理事會匯報。山東大學為院長配備1名常務副院長和2名副院長。院長授權常務副院長負責發展研究院的日常工作，對于重大事項，常務副院長向院長匯報。

    （三）發展研究院建立獨立的學術委員會，并根據《山東大學學術委員會章程》的規定，負責有關學術評價、學科建設、學風維護和研究任務的分配、研究成果的評估等工作。作為山東大學的“學術特區”，發展研究院學術委員會委員應是國內外相關領域著名學者，由院長提名，報山東大學學術委員會常委會審核、備案。其人員由山東經濟研究院的專家、校內其他相關專業的專家、校外其他相關領域的專家三部分組成，各占三分之一。發展研究院學術委員會委員選舉產生學術委員會主任1名、副主任1-2名，由山東大學校長聘任。